當地時間1月27日，韓國國土交通部航空鐵道事故調查委員會公布了濟州航空2216號班機空難的初步調查報告，詳細描述了事故經歷。黑匣子停止記錄時客機航跡圖顯示，飛機上的兩個“黑匣子”于12月29日8時58分50秒開始均停止記錄，4分07秒后，飛機以機腹著陸的方式高速沖出跑道，并與安裝導航系統天線的混凝土基座發生沖撞，導致劇烈爆炸并燃燒。

事故發生時，該客機正以約298千米/小時的速度飛行，距離地面高度約為151米，由南向北接近務安機場跑道01號方向準備降落。此時，飛機兩側發動機均吸入了韓國冬季常見的候鳥“花臉鴨”，事后在兩臺發動機內發現了該種群候鳥的羽毛及血液痕跡。

黑匣子停止記錄后6秒，飛行員發出了“MAYDAY”求救信號，隨后提升高度進行復飛。飛機在原定降落方向左側上空飛行一段時間后，右轉從同一條跑道另一側即19號方向進入跑道，并在起落架沒有放下的情況下以機腹著陸。

關于飛機降落時起落架為何沒有放下，初步調查報告并未給出解釋。此外，飛機與鳥群撞擊的具體時間、數量以及是否有其他鳥類參與等問題，還有待進一步調查。這些問題將在最終的事故調查報告中予以說明。